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Während des Zweiten Weltkriegs trieb die Stada so gut es ging ihre Aktivitäten voran. Im Vordergrund stand die Rückgewinnung der Rezeptur verbunden mit der wissenschaftlichen Aufwertung der Apotheke. Im neu eingerichteten »Institut für Arzneimittel« im Hygiene-Museum in Dresden wurden neben der laufenden Überprüfung von Präparaten neue Vorschriften und Verfahren zur Herstellung von Arzneimitteln und Rezepturen ausgearbeitet. Eine in München eröffnete Geschäftsstelle von Stada fiel 1944 dem Bombenkrieg zum Opfer und wurde nach Halle an der Saale verlegt, wo die Arbeit mit Kriegsende aber eingestellt werden musste.

Nach dem Krieg nahm Stada 1948 an zwei verschiedenen Standorten die Arbeit wieder auf. Im Fokus der neu gegründeten »Stada-Nord« in Essen und »Stada-Süd« in Tübingen standen Produkte zur Selbstmedikation. Die beiden Genossenschaften verschmolzen 1954 zu einem Unternehmen, der »Stada, Standardpräparate Deutscher Apotheken«, das nach Frankfurt am Main verlegt wurde. Es erfolgte die Eintragung des Warenzeichens »Stada«. Drei Jahre später stand, zunächst für Verwaltung und Lager, ein erneuter Umzug nach Bad Vilbel vor die Tore Frankfurts an. Noch heute befindet sich dort die Zentrale der Stada Arzneimittel AG. Bis 1961 wurden Stada-Arzneimittel ausschließlich in Apotheken gefertigt. Mit einem Beschluss der Vertreterversammlung durfte danach auch in Bad Vilbel produziert werden, wo sich inzwischen ein moderner Arzneimittelbetrieb entwickelt hatte. Um mehr Kapital zu generieren, wechselte das Unternehmen 1970 die Rechtsform und aus der Genossenschaft wurde eine Aktiengesellschaft, die ihre Anteilsscheine aber ausschließlich an Apotheker ausgab. Stada war auf Expansionskurs, gründete 1971 die Firmen Niddapharm und Stadapharm und kauft das Uzara-Werk. Vier Jahre später begann der Einstieg ins Generika-Geschäft als Ergänzung zum bis dahin dominierenden OTC-Sortiment. Einer der großen Erfolge war der Blutdrucksenker Nifedipin.

Mitte der 1980er-Jahre begann Stada international zu expandieren. Das Wachstum des Unternehmens lag seit fünf Jahren deutlich über dem des deutschen Pharmamarkts und Vorstand und Aufsichtsrat präsentierten den inzwischen mehr als 10.000 Aktionären das bislang beste Geschäftsergebnis. Das Unternehmen kaufte beziehungsweise gründete Unternehmen in der Schweiz und Österreich, es folgen Firmengründungen in Belgien und den Niederlanden sowie in Asien. 1993 wurde der Aktionärskreis erweitert und erstmals konnten neben Apothekern und Beschäftigten des Unternehmens auch Nichtapotheker Aktionäre von Stada werden. Ein Jahr später beschäftigte der Pharmakonzern rund 650 Mitarbeiter und verzeichnete einen Umsatz von circa 200 Millionen DM. Zum 100-jährigen Bestehen 1995 rangierte Stada nach Absatz unter den Top Ten der Branche in Deutschland.

Die beiden deutschen Tochtergesellschaften Stadapharm und Stada OTC Arzneimittel übernahmen 1995 das Kerngeschäft des Unternehmens, die Vermarktung von verschreibungspflichtigen Arzneimitteln beziehungsweise von Präparaten für die Selbstmedikation. Am Standort Bad Vilbel verblieben die galenische Forschung, die Produktion, Zulassung und Qualitätssicherung. Ein Jahr später erwarb Stada den Generikavertrieb Aliud Pharma und expandierte weiter nach Frankreich und Tschechien. Der Börsengang folgte 1997, die Aufnahme des Unternehmens in den Börsenindex MDAX 2001. Die Internationalisierung schritt voran mit Auslandsakquisitionen in Dänemark, Spanien, Portugal, Italien, Großbritannien, Serbien, Russland und Asien. Unter dem Markennamen »Silapo« kam 2008 das erste Biosimilar des Konzerns zur Behandlung von Anämie auf den deutschen Markt, 2013 erfolgte der Einstieg in die personalisierte Arzneimitteltherapie mit »Stada Diagnostik«. Im Folgejahr nahm die Vertriebsgesellschaft »Stadavita« für den Bereich Nahrungsergänzungsmittel und Kosmetik ihre Arbeit auf. Der Umsatz von mehr als einer Milliarde Euro im Jahr 2005 verdoppelte sich 2015 auf rund 2,1 Milliarden Euro.